大腸桿菌基因工程菌發酵液中雜質很多，其中有些雜質不僅直接影響產品質量和得率，同時對後續的提取和精製有很大影響，因此，在預處理時，必須採用適當方法使這些雜質沉澱，在固液分離時除去，以利於後面的提取和精製過程能順利進行。用於大腸桿菌基因工程菌發酵液固液分離的主要是離心分離，我們採用離心機高速旋轉產生的離心力來實現發酵液的固液分離，具有分離速度快、分離效率高，液相澄清度好等優點；

針對不同的固液分離要求，如用戶需要的收集發酵液的上清，我們一般推薦採用碟式離心機+微濾結合，是在工業化生產中比較合適的發酵液分離設備。如用戶需要的收集發酵液的菌體，我們一般推薦採用管式高速離心機，該設備菌體採收率高，菌體水分要比其他分離機出來的少，分離後的發酵液基本無菌體，分離徹底，因此在採收菌體時我們認爲管式高速離心機是在工業化生產中比較合適的發酵液分離設備。