自動分揀機只適於分揀底部平坦且具有剛性的包裝規則的商品。袋裝商品、包裝底部柔軟且凹凸不平、包裝容易變形、易破損、超長、 、超重、 、不能傾覆的商品不能使用普通的自動分揀機進行分揀，因此爲了使大部分商品都能用機械進行自動分揀，可以採取二條措施：一是推行標準化包裝，使大部分商品的包裝符合國家標準；二是根據所分揀的大部分商品的統一的包裝特性定製特定的分揀機。但要讓所有商品的供應商都執行國家的包裝標準是很困難的，定製特寫的分揀機又會使硬體成本上升，並且越是特別的其通用性就越差。因此公司要根據經營商品的包裝情況來確定是否建或建什麼樣的自動分揀系統。